La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes.